根據《國家中醫藥管理局關于公布高水平中醫藥重點學科建設項目入選名單的通知》，中國中醫科學院中藥研究所及掛靠單位中國中醫科學院中藥資源中心和中國中醫科學院青蒿素研究中心獲批國家中醫藥管理局高水平中醫藥重點學科12個，包括：本草學、臨床中藥學、分子生藥學、中藥資源學、中藥資源生態學、中藥鑒定學、中藥化學、中藥分析學、中藥藥劑學、中藥藥理學、中藥毒理學和中藥化學生物學。同時，根據《國務院辦公廳關于印發中醫藥振興發展重大工程實施方案的通知》，中藥研究所作為國家中藥炮制技術傳承基地，高質量推進基地建設任務。